La pulizia e l’igiene in Giappone rivestono un importante ruolo all'interno della cultura del Paese, tanto che la toilette è costantemente oggetto di studi tecnologici per essere resa sempre più pulita e confortevole, e i giapponesi sono disposti a spendere molto per le migliorie di questa parte della casa. Alcuni termini che significano "pulito", possono essere utilizzati anche per descrivere la bellezza: ad esempio la parola kirei (奇麗?) può essere tradotta come "carino", "bello", "pulito", "giusto" o "ordinato”. Nelle piccole abitazioni giapponesi, inoltre, la stanza della toilette è una delle poche aree della casa che consenta una certa intimità, poiché i numerosi membri che compongono la famiglia sono costretti a convivere nella maggior parte dei casi: come scrisse Jun'ichirō Tanizaki nel suo saggio “Libro d'ombra”, «solo il gabinetto giapponese è interamente concepito per il riposo dello spirito». 

La toilette è generalmente separata dalla stanza adibita alla pulizia del corpo(風呂場 furoba) e da quella adibita alla pulizia del viso, delle mani e dei denti (洗面所 senmenjo), poiché nella cultura giapponese vi è la tendenza a dividere le aree considerate "pulite" da quelle "non pulite", e si cerca di mantenere minimo il contatto tra esse. Questa pratica ha origini antiche e risale a quando, nel periodo Edo, le toilette erano delle piccole cabine in legno poste di fuori delle abitazioni e, per recarvisi, era necessario indossare le scarpe. Nel Giappone moderno si usa ancora indossare delle ciabatte quando ci si reca al bagno, il cui pavimento è considerato non pulito.

Fino alla Seconda guerra mondiale i sanitari più diffusi in Giappone erano i vasi alla turca e gli orinatoi, che ancora è possibile trovare negli edifici in stile tradizionale e all'interno dei bagni pubblici; dopo il conflitto si diffusero i vasi sanitari occidentali con sciacquone, mentre negli anni Ottanta furono introdotti i water con funzioni di bidet, che nel 2018 arrivarono nell'80% delle case giapponesi. Questi sanitari, scarsamente diffusi al di fuori dei confini giapponesi, sono comunemente chiamati “washlet”, una crasi delle parole inglesi wash (lavaggio) e toilet, , un combinato wc-bidet ad alta tecnologia con numerose funzioni tra le quali asciugatura, sottofondo musicale, riscaldamento e profumazione ambientale.

Le marcate differenze culturali tra Giappone e Occidente per quanto riguarda l'uso della toilette possono essere fonte di confusione per gli stranieri che vi si approcciano per la prima volta: i bagni alla turca sono spesso causa di imbarazzo per chi non è abituato o non è in grado di assumere la corretta posizione, e vi sono numerosi racconti di persone non giapponesi che, usando un washlet e premendo a caso alcuni tasti, per curiosità o per cercare il comando dello sciacquone, sono stati improvvisamente colpiti da un getto d'acqua o hanno accidentalmente allagato la stanza della toilette. Per ovviare a questi problemi l'Associazione giapponese dei produttori di toilette ha introdotto nel 2017 un nuovo standard per le icone da utilizzare in tutti i wc giapponesi di prossima produzione, che risultano più intuitive e facili da individuare.